東華三院文物館藏檔案主要來自機構各部門、東華歷屆主席和總理、市民大眾、官員及其他團體，種類豐富，如徵信錄（早年年報）、東華致外界信件、華民政務司來信簿、董事局及各委員會會議紀錄、誌事錄、刊物、剪報、相片及紀念品等。東華三院140多年的歷史，都記錄在東華的檔案內，它們不但詳細記錄了東華歷年的活動，也保存了與香港的發展息息相關的歷史內涵。
文物館館藏最早的檔案是東華醫院1873年的徵信錄（年報）。2016年5月起，所有檔案已移交至新成立的東華三院何超蕸檔案及文物中心永久保存。現時已收集達300延米（即按物件擺放長度計的貯存空間）的檔案。為了向公眾介紹東華的檔案，我們會逐步於網站上載可供申請查閱的檔案目錄。
